As administrações de convênios, acordos e contratos são realizadas com agilidade, de modo a facilitar
aos pesquisadores o desenvolvimento de seus projetos. A estrutura da FEPE permite estabelecer ampla interface com universidades, empresas e instituições públicas e particulares e oferecer completa assistência na assinatura e no gerenciamento dos mesmos.
Para o gerenciamento dos projetos, a FEPE observa as normas de direito público concernentes à licitações, contratos e contabilidade além da aprovação dos planos e projetos de ensino, pesquisa
e extensão pelas instâncias acadêmicas competentes, previamente à sua execução.
Os projetos de pesquisa e extensão contam, com no mínimo 2/3 (dois terços) da participação de pessoal da instituição apoiada.